ГОСУДАРСТВЕННОЕ САНИТАРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОЕ НОРМИРОВАНИЕ
РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Утверждаю
Руководитель Федеральной службы
по надзору в сфере защиты прав
потребителей и благополучия человека,
Главный государственный санитарный
врач Российской Федерации
А.Ю.ПОПОВА
10 января 2022 г.

3.1. ПРОФИЛАКТИКА ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ МОНИТОРИНГ
ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ НОВОЙ КОРОНАВИРУСНОЙ ИНФЕКЦИИ
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

МР 3.1.0272-22

1. Разработаны: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, ФБУН «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Роспотребнадзора, ФБУН «Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора, ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора.

2. Утверждены Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации А.Ю. Поповой 10 января 2022 года.

3. Введены впервые.

I. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ

1.1. Настоящие методические рекомендации информируют об основных принципах организации и проведения молекулярно-генетического мониторинга штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции, циркулирующих на территории Российской Федерации.

1.2. Настоящие методические рекомендации предназначены для специалистов органов и организаций Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, а также иных организаций, участвующих в проведении данного мониторинга.

1.3. Перечень научных организаций, противочумных учреждений Роспотребнадзора, осуществляющих полногеномное и фрагментное (мультилокусное) секвенирование материала от больных новой коронавирусной инфекцией, доставленного территориальными органами и организациями Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации, иными организациями, представлен в приложении 1 к настоящим методическим рекомендациям.

II. КРИТЕРИИ ЗАБОРА МАТЕРИАЛА ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ГЕНОВАРИАНТОВ VOC SARS-COV-2 С ПОМОЩЬЮ СЕКВЕНИРОВАНИЯ

2.1. Приоритетные критерии для забора материала для секвенирования:

— от лиц, прибывших из-за рубежа;

— от контактных с прибывшими из-за рубежа;

— от контактных с лицами, у которых выявлен штамм SARS-CoV-2 «вызывающий озабоченность» (VOC);

— от лиц с подозрением на повторное инфицирование SARS-CoV-2;

— от лиц, инфицированных (с признаками и без признаков заболевания), спустя 30 и более суток после вакцинации;

— от больных с устойчивостью к лечению препаратами на основе специфических антител;

— от всех лиц с нетипичным течением заболевания (длительная вирусемия более 21 дня, наличие симптомов со стороны желудочно-кишечного тракта, нервной системы и др.) без сопутствующей патологии;

— от лиц из эпидемических очагов (в т.ч. семейных);

— от детей и подростков до 17 лет с клиническим признаками заболевания.

С учетом складывающейся эпидемиологической ситуации в субъекте Российской Федерации критерии для забора материала для секвенирования могут быть изменены.

2.2. Дополнительно целесообразно обеспечить забор материала с «потока» — от амбулаторных и стационарных пациентов.

2.3. Общий объем направленных на секвенирование проб из субъектов Российской Федерации — не менее 10% от всех положительных исследований (ПЦР) в неделю.

2.4. Доставка биоматериала осуществляется не менее двух раз в неделю по согласованию с лабораториями, проводящими секвенирование.

2.5. Требования к отбору материала.

2.5.1. В случае положительного результата ПЦР отбирается носоглоточный мазок в транспортной среде, который затем отправляется в соответствующую лабораторию. Допустимые для использования типы транспортных сред определяются строго по согласованию с организацией, осуществляющей секвенирование.

2.5.2. Лаборатории, проводящие секвенирование, самостоятельно определяют пригодность проб для проведения секвенирования.

2.5.3. Образцы необходимо подвергать глубокой заморозке и хранить до передачи в лабораторию в условиях, не допускающих их повторной разморозки, обеспечивая холодовую цепочку при транспортировке материала; при пересылке в течение 24 часов и менее от момента отбора материала образцы допускается перевозить при +4 C, не замораживая.

2.5.4. Для отбора респираторных мазков используются пробирки для взятия респираторных мазков, содержащих транспортную среду. Допускается использование криопробирок объемом 1,5 — 2 мл с внешней резьбой и завинчивающимися крышками с уплотнительным кольцом, исключающим протекание биологической жидкости, в которые внесена транспортная среда в объеме 0,6 мл. Недопустимо использовать другой тип пробирок. Пробирки с материалом должны иметь четкую несмываемую маркировку.

III. ТРЕБОВАНИЯ К СОПРОВОДИТЕЛЬНОЙ ИНФОРМАЦИИ О ПРЕДОСТАВЛЯЕМОМ МАТЕРИАЛЕ

3.1. Сопроводительная информация должна предоставляться организациям, осуществляющим секвенирование, через заполнение онлайн-формы в соответствии с инструкцией, представленной в приложение 2 «Инструкция по регистрации образца».

3.2. После загрузки обязательной информации образцу выдается уникальный идентификационный номер и формируется сопроводительный лист. Сопроводительный лист распечатывается и вкладывается в посылку, содержащую контейнер с образцами.

3.3 Доступ к заполнению онлайн-формы осуществляется ответственным лицом организации, направляющей образцы на исследование. Для входа в систему используется логин и пароль, предоставляемые по запросу в ФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора. Для получения доступа в систему требуется предоставить информацию в ФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора об ответственном сотруднике (название организации, должность, ФИО, электронная почта, мобильный телефон, заполненный документ приложение 3 «Обязательство о неразглашении конфиденциальной информации»).

3.4. Сопроводительная информация должна содержать перечисленные ниже данные об образце (обязательные поля выделены жирным шрифтом и отмечены «*»):

*Название образца (без пробелов, латиница, цифры, нижнее подчеркивание, дефис)

— Тип биоматериала — например, мазок из носо- или ротоглотки, аутопсия и т.п.

— *Место забора материала (в формате Страна/Регион/Город)

— *Дата забора материала в формате (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

— *ID образца (идентификационный номер образца из системы report.gsen.ru форма 970)

— *Субъект РФ (в формате Регион/Город)

— Пол пациента — М/Ж

— Возраст пациента — полных лет или неизвестен

— Социальный статус (род занятий/место работы)

— *Ct на ПЦР-тесте

— *Тест-система

— *Завозной случай — ДА/НЕТ

— *Если завозной случай, то дата прибытия в формате (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

— *Если завозной случай, то откуда прибыл (Страна прибытия/населенный пункт)

— Дата заболевания (ГГГГ или ГГГГ-ММ или ГГГГ-ММ-ДД)

— Диагноз по МКБ-10

— Клиническая форма заболевания — бессимптомно/ОРВИ/ВП/неизвестно

— Симптомы

— Исход заболевания — болеет/выздоровел/умер/неизвестно

— Госпитализация — — ДА/НЕТ/неизвестно

— *Подозрение на повторное инфицирование SARS-CoV-2 ДА/НЕТ/неизвестно

— *Вакцинация — Привит/Не привит/Не известно

— *Название вакцины (если привит)

— Дата вакцинации (если привит)

— Кратность вакцинации — v1/v2

— Количество контактных лиц

— Из них выявлено лиц с COVID-19

— Если образцы от контактных лиц с COVID-19 поступили на секвенирование (указать идентификационные номера образцов из системы report.gsen.ru форма 970, если известно)

— Предположительный источник инфекции (если установлен)

— Комментарии (свободное поле)

IV. ТРЕБОВАНИЯ К ТРАНСПОРТИРОВАНИЮ МАТЕРИАЛА

4.1. Материал помещается в герметичный, предварительно охлажденный до температуры хранения образцов металлический контейнер (термос с широким горлом), обеспечивающий сохранность терморежима. Допускается поместить в контейнер охлаждающие элементы. Во избежание аварий недопустимо помещать внутрь металлического контейнера (термоса) сухой лед или жидкий азот.

4.2. К наружной поверхности прикрепляют этикетку, содержащую информацию об организации, направившей материал, идентификационные данные материала с перечислением образцов, дату упаковки.

4.3. Маркированный контейнер помещают в термоизолирующую пенопластовую коробку (термоконтейнеры, сумки-термосы), содержащую замороженные хладоэлементы и/или сухой лед в количестве, достаточном для обеспечения непрерывной холодовой цепи до места доставки.

4.4. К наружной стенке коробки прикрепляют этикетку с указанием вида материала, условий транспортирования, названия пунктов назначения, получателя и отправителя с контактными данными. Не допускается указание на этикетке снаружи упаковки любых данных, помимо вышеуказанных.

4.5. Перевозка образцов должна осуществляться в соответствии с требованиями санитарного законодательства по отношению к микроорганизмам II группы патогенности.

4.6. Биоматериал необходимо доставлять в научные организации Роспотребнадзора в течение не более 5 суток от момента забора.

V. АЛГОРИТМ ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ ВИРУСА SARS-COV-2

5.1. Актуальный список вариантов, подлежащих исследованию, с указанием искомых мутаций, а также их распределения по амплифицируемым фрагментам из протоколов Университета Женевы и ARTIC v.3 или других приводится в техническом бюллетене, обновляемом 1 и 15 числа каждого месяца на портале https://genome.crie.ru/.

В случае оперативной необходимости бюллетень может быть дополнительно актуализирован.

Информация об актуализации данных поступает в виде информационной рассылки с портала https://genome.crie.ru/ в научно-исследовательские организации Роспотребнадзора, осуществляющие проведение секвенирования (приложение 4).

5.2. Для дифференциации геновариантов вируса SARS-CoV-2 используются методы (1) фрагментного секвенирования по Сэнгеру отдельных локусов гена, кодирующего S-белок, (2) секвенирования полной последовательности S-гена или (3) секвенирование полного генома вируса SARS-CoV-2.

5.3. При применении методов секвенирования последовательно проводится (1) амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определения наличия продуктов амплификации, (2) секвенирование пригодных образцов выбранным методом, из числа перечисленных ниже, (3) выдача заключения о вероятной принадлежности к искомому геноварианту.

5.4. Сроки проведения оценки качества (амплификация необходимых фрагментов генома SARS-CoV-2, определение наличия продуктов амплификации) — не более 3 суток от момента поставки образцов (96 или менее).

Сроки проведения фрагментного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) — не более 4 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения секвенирования гена S-белка (любым выбранным протоколом) — не более 7 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки проведения полногеномного секвенирования пригодных образцов (любым выбранным протоколом) — не более 12 дней от момента получения заключения о качестве.

Сроки выдачи заключения о вероятной принадлежности вируса к одному из искомых вариантов — образца не более 1 дня от момента завершения секвенирования.

5.5. Организациям, участвующим в секвенировании, рекомендуется обращать внимание на новые возникающие геноварианты и при закреплении таких в популяции сообщать о них, высылая письмо с описанием геноварианта и рекомендациями по выявлению по адресу crie@pcr.ru».

5.6. Инструкция по работе с программой genome.crie.ru приведена в приложении 5 к настоящим методическим рекомендациям.

Приложение 1. Перечень научных организаций, противочумных учреждений Роспотребнадзора, осуществляющих секвенирование

Приложение 2. Требования к файлам, содержащим информацию о нуклеотидной последовательности

Приложение 3. Обязательство о неразглашении конфиденциальной информации

Приложение 4. Перечень идентифицируемых генетических вариантов SARS-CoV-2

Приложение 5. Инструкция по работе с программой genome.crie.ru

Ответить

13 + 15 =